连云港市疾病预防控制中心是在撤消连云港市卫生防疫站、连云港市皮肤病防治所、连云港市健康教育所等 3个财政拨款事业单位的基础上进行优化组合，重新组建而成，并于2002年4月28日正式挂牌，同时保留了“健康教育所”、“结核病防治所”、“放射卫生防护所”和“皮肤病防治所”四块牌子。
连云港市疾病预防控制中心编制为110人，实有在编在职108人，专业技术人员92人，其中高级职称22人，中级职称37人，硕士研究生6人，本科生50人。中心设有办公室、财务科、急性传染病防制科、慢性传染性疾病防制科、慢性非传染性疾病防制科、体检中心、卫生监测科、检验科、科研质管科、性病艾滋病防制科、计划免疫科、健教科等11个科室。中心的主要服务范围：肿瘤、糖尿病、心血管等慢性病的防制；预防接种、免疫规划工作；健康教育与健康促进；急性传染病防制；性病、艾滋病咨询和防制、职业病防制；室内装璜卫生质量检测；卫生检测检验。中心实验室2003年通过计量认证，经过几次扩项现共有345项通过资质认证评审。2007年，通过中国合格评定国家认可委员会组织的评审，通过包括食品、食品添加剂、食品用产品，饮用水涉水产品，化妆品，公共场所，职业卫生、放射卫生类，消毒与杀菌及一次性医疗、卫生用品，病原微生物检测共七大类238个项目。先后取得“艾滋病确证实验室”、“江苏省职业病诊断机构”、“健康相关产品检验机构”、“江苏省职业病卫生技术服务机构”、“江苏省职业健康检查机构”等多项资质。与此同时，中心还与南京医科大学、北华大学、徐州医学院、蚌埠医学院等多家医学院校建立教学关系，成为其教学、实习基地。中心急性传染病防制学科被评为2008-2010连云港市二类医学重点学科，中心1名同志评为2008-2010市医学重点人才培养对象。